其次，剧情和人物设定的不连贯也引起了观众的不满。除了这部剧备受争议的情节外，还有一些莫名其妙的误解和人物设定让观众感到愤怒。除了冥夜和桑酒也引起了一些人的不满外。在被男主屠杀后，整个教派牺牲让女主穿越了500年前，是让她回去扼杀男主，结果她最终用爱情影响了男角，让观众感到非常困惑。

对比陈珊，应茵茵更像是个“小丑”。喜欢徐燕时，但是徐燕时对她毫无感觉，甚至觉得她很麻烦。无论应茵茵出什么招，徐燕时根本不接。

但实际上，她没有头等舱的机票，她在头等舱，但是头等舱没有她的座位。

在这部剧中，刘琳虽然是一个配角，但是依然盖不住她的光辉。她塑造的德华，传神又接地气，可以说是剧中最有魅力的角色之一。

无论对于新海诚还是“少女拯救世界”叙事谱系而言，这都是一个很大的突破。由于日本御宅文化大量复制了父权制对女性的性别凝视，于是基于这种文化系统建构的女性形象往往是可爱、纯真、无辜的少女。并且，她们经常体现为缺乏思想和行动力的形象。这无疑复刻了日本社会长期以来常见的性别想象。实际上，新海诚以往的作品，仅仅因为“存在”就被赋予意义的少女角色，俯拾即是。因此，《铃芽之旅》中拥有旺盛的行动力、无穷的勇气以及坚毅的内心的少女形象变得更为突出。在这部作品中，新海诚更将“少女拯救世界”的经典叙事改写为少女通过拯救世界，最终拯救自己的故事。其中的男主角草太反而成为一个被“物化”的媒介，促使长大后的玲芽与过去的自己相遇，最后与创伤记忆和解。不难看出，《铃芽之旅》呈现出显著的女性意识。而在“世界系”作品的谱系中，这种女性意识的出现值得重视。当“少女拯救世界”的叙事模式开始“去御宅化”，摆脱“女性凝视”和僵化的性别想象，日本动画对“世界系”的改写方能真正地展开。

用最极致的尺度去设置“恶”的具象，带来的冲击不仅会增加戏剧张力，亦会让观众觉得惊艳与震撼，点题《消失的十一层》剧名，又加大了吸引力。